Gedung sekolah baru tersebut mulai dikerjakan tahun 1990 dan selesai tahun 1991
Pada awal tahun ajaran baru 1991, gedung sekolah baru yang terdiri 6 ruang kelas, sebuah ruang guru dan satu unit kamar mandi dan wc resmi digunakan.
Kondisi bangunan yang tampak megah pada saat awal digunakan, kini nyaris tinggal kenangan.
Usai ditinggal sang misionaris, Pater Anton Frey, SVD tahun 1999, sekolah tersebut seolah luput dari perhatian pemerintah.
Sekolah yang mestinya mendapat perhatian penuh dari pemerintah karena masuk kategori sekolah perbatasan ternyata kondisinya sangat memprihatinkan.
Kondisi fisik gedung yang berleter L tersebut tak layak digunakan karena tidak aman bagi para peserta didik dan bapak/ibu guru yang mengajar.
Terpantau, seluruh bagian tembok sekolah sudah retak. Sebagian atapnya sudah bolong sehingga tidak bisa digunakan terutama di musim hujan.
Albertus Kolo, salah seorang guru yang bertugas di sekolah tersebut mengungkapkan, kondisi gedung sekolah ini sangat memprihatinkan.
“Saat musim hujan tiba, kami pasti tidak sekolah karena atap sekolah banyak yang bolong dan dindingnya pun sudah retak semuanya. Kami takut ada kejadian tak terduga yang bisa berakibat fatal bagi peserta didik maupun para guru,” tutur Albertus.
Menurutnya, kondisi ini memang sudah dilaporkan beberapa kali ke pihak pemerintah melalui Dinas Pendidikan Kepemudaan dan Olahraga (PKO) Kabupaten TTU. Namun hingga hari ini belum ada jawaban ataupun perhatian untuk perbaikan gedung sekolah tersebut.
Albertus berharap, ke depan ada perhatian dari pemerintah, baik pusat maupun daerah, demi kenyamanan pelaksanaan proses belajar mengajar di sekolah tersebut.
