Para awak dan penumpang panik karena banyak barang terbakar. Sejumlah awak kapal bersama kapten melarikan diri dengan motor boat. Tapi api berhasil dipadamkan. Tidak ada korban jiwa. Kapal berhasil dikendalikan oleh stirman satu bernama Kapten Sina. Kapal diarahkan ke Madura untuk beristirahat sambil menunggu bala bantuan dari kapal lain untuk menarik kapal malang itu ke Surabaya untuk diperbaiki. Kapal akhirnya ditarik kembali ke Surabaya.
Pengalaman pahit yang membekas di hati Pater Niko adalah pada musibah kebakaran kapal itu, ada 16 peti perjalanan misi perdana terpaksa dibuang ke dalam laut. Enam belas peti bekal itu berisi buku-buku, pakaian, obat-obatan dan barang-barang lainnya. Di atas 16 peti itu Mama Loretta, ibu Pater Niko menempel telapak tangannya sebagai tanda cinta dan dukungan terhadap karya misi anaknya, Pater Niko.
Pada 28 Desember 1963, Pater Niko bertolak kembali dari Surabaya menuju Ende dengan Kapal Stella Maris setelah dinyatakan layak beroperasi lagi pasca musibah kebakaran di dekat Madura itu. Tiga hari perjalanan menelusuri rantai-rantai Sunda Kecil, Bali, Lombok, Sumba, Sumbawa, Flores dan Timor.
Pada 31 Desember 1963, Kapal Stella Maris bersandar di Pelabuhan Ende. Regional SVD Ende kala itu, Pater Nikolaus Apeldorn SVD menerima dia di pelabuhan. Pater Niko berada di Komunitas Biara St. Yosef sejak 1 Januari 1964. Pada Januari 1964, setelah sempat melakukan perjalanan laut ke Mborong bersama Br. Marianus SVD asal Belanda untuk mengambil kayu api, Pater Niko berlayar menuju tanah misi baru yaitu Pulau Lomblen yang kini bernama Lembata dengan kapal motor Theresia bersama Br. Marianus SVD.
