Sejak kecil, Sani sudah menunjukkan kecerdasannya. Bapak Yosep dan Mama Kemohun kemudian mengirimnya ke Sekolah Standar di Larantuka. Di sini Sani bertemu dengan sejumlah kawan kelasnya antara lain Aleks Beding (yang jadi Imam SVD), Gregorius Monteiro (yang kemudian menjadi Uskup Agung Kupang).
Setelah menyelesaikan Sekolah Standar di Larantuka, Sani dan beberapa temannya melanjutkan pendidikan di Seminari Menengah Mataloko, Ngada tahun 1935. Dari Mataloko kemudian menuju Seminari Tinggi St Paulus Ledalero memulai perkuliahan filsafat dan teologi.
Ketika tentara Jepang masuk Indonesia, situasi pendidikan di Ledalero mengalami gangguan. Banyak pengajar Eropa ditawan Jepang. Ledalero macet. Untuk memikirkan kelanjutan pendidikan di Ledalero, pada tahun 1948 dua imam dan tiga frater dikirim ke Belanda melanjutkan studi. Dua imam itu yakni Pater Piet Muda, SVD dan Pater Lambert Lame Uran, SVD. Sedangkan tiga frater itu yakni Fr. Donatus Djagom (kelak jadi Uskup Agug Ende), Fr. Paulus Sani Kleden dan Fr. Stephanus Kopong Keda. Nama terakhir ini dari Adonara yang jadi tenar dengan idenya mengganti hostia dengan jagung titi dan anggur dengan tuak/arak.
Dua tahun di Seminari Tinggi Teteringen, Belanda, pada tanggal 20 Agustus 1950 Sani ditabiskan menjadi imam. Dari Belanda, Pater Sani melanjutkan studi di Universitas Gregoriana, Roma dan meraih gelar Doktor Hukum Gereja pada usia 30 tahun.
Tahun 1955, Pater Dr. Sani kembali ke Indonesia dan mengajar di Ledalero. Dia tercatat sebagai dosen pribumi pertama di Ledalero. Selain sebagai dosen di Ledalero, Pater Sani juga merangkap sebagai Vikjen Keuskupan Agung Ende dan juga pembina pada masa awal ketika Seminari Tinggi St. Petrus Ritapiret berdiri.
