Ketika terjadi pemekaran wilayah gerejani di Indonesia, Pater Dr. Sani diangkat menjadi Uskup Denpasar. Dan pada tanggal 3 Oktober 1961 ketika masih berusia 37 tahun, Pater Dr. Sani ditabiskan menjadi Uskup Denpasar oleh Mgr. Gabriel Manek, SVD di Gereja Palasari, Bali. Usia yang masih sangat belia untuk menjadi seorang uskup ketika itu.
Setelah ditabiskan menjadi uskup, Uskup Sani memilih menetap di Singaraja. Baru pada tahun 1967 Uskup Sani memindahkan Istana Uskup ke Denpasar dan menetap di sana.
Pada saat diselenggarakan Konsili Vatikan II (1962-1965) di Roma, Uskup Sani hadir secara penuh sebagai Bapa Konsili (sebutan untuk para peserta konsili). Dia disebut-sebut sebagai uskup termuda pada Konsili Vatikan II di antara 2.540 uskup sedunia yang hadir pada acara pembukaan.
Selama 11 tahun memimpin Keuskupan Denpasar, pada saat sidang Majelis Agung Waligereja Indonesia (MAWI) di Jakarta, Uskup Sani mendapat serangan jantung dan meninggal dunia di RS Carolus Jakarta, 18 November 1972 pada usia 48 tahun.
Gereja Katolik Bali Lombok kehilangan seorang gembala. Umat Katolik Bali Lombok kehilangan gembala. Keluarga kehilangan anak suku.
Tetapi yang paling merasa kehilangan adalah Mgr. Antonius Thijssen, SVD, Uskup Larantuka. Mengapa? Karena Uskup Sani adalah muridnya ketika masih di Sekolah Standar Larantuka. “Mengapa Sani yang harus meninggal, dan bukan saya yang sudah tua?” Begitu penyesalan Uskup Thijssen.
Jasadnya dikuburkan di pekuburan umum Menteng Pulo, Jakarta. Baru pada tahun 1980 atas permintaan umat Katolik Bali, jasad sang gembala dipindahkan ke pekuburan para klerus di depan Gereja Palasari. Saat ini di pekuburan ini terbaring jasad beberapa uskup dan imam yang sudah mendahului.
